Le groupe s'est formé en 1989 et a changé de formation plusieurs fois. Il est à noter qu'il n'a jamais comporté de membre féminin. Tous les noms des membres du groupe originel ont été formés à partir du prénom d'une icône féminine américaine et du nom d'un tueur en série (règle non-respectée avec l'arrivée de Zim Zum en 1996, de John 5 en 1998 et de Tim Skold, qui a préféré garder son vrai nom). Ainsi, le nom de Marilyn Manson est une référence à Marilyn Monroe et à Charles Manson. Cette dualité belle/bête mise en évidence dans la construction des noms de scènes des membres a une signification forte dans la thématique du groupe Marilyn Manson, qui aime jouer sur la réconciliation des contradictions. En effet, Marilyn Manson cherche à concilier les deux opposés (le Bien et le Mal, l'ange et le démon) présents en chaque homme. Aussi, l'esthétique du groupe accentue-t-elle d'autant plus cette thématique : Manson, de même que l'ancien bassiste Twiggy Ramirez, ont cultivé leur allure androgyne de manière ostentatoire afin de provoquer un sentiment mêlé de peur et de désir.
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